대학원 과정에는 특별히 전필 과목과 전선 과목이 나뉘지는 않지만 전공 내규상 꼭 이수해야 하는 과목들이 있습니다. 우선 석사/박사과정에서는 각각 원예생명공학세미나를 2과목씩 수강해야 합니다(수강학기 1회 발표). 그리고 대학원 논문연구 학점으로 석사과정 3학점, 박사과정 6학점씩을 이수해야 합니다. 대학원 교과목의 경우 매학기 개설되는 것도 있지만 2-4학기마다 혹은 불규칙적으로 개설되는 것도 있으므로 지도교수나 선배들과 상의해서 장기 수강계획을 세우는 것이 좋습니다.

아래에 있는 과목들은 본 전공에서 개설하고 있는 것들입니다. 이 외에도 자신의 관심사나 연구분야에 따라 타 전공 또는 타 단대의 교과목을 수강할 수도 있습니다 (단, 타 전공 또는 타 단대 교과목 수강의 경우, 수료학점의 1/2범위 내에 한함.) 대학원 각 과정의 수료에 필요한 교과학점은 석사 24, 박사 36(석사과정 이수학점 포함 총 60)학점입니다.